U okviru svog osnovnog cilja Harmonius se naročito zalaže za:
- Vladavinu prava
- Obrazovanje bez granica i nauku bez predrasuda
- Intenzivnu saradnju mladih naučnika i univerziteta u regionu jugoistočne Evrope
- Jačanje demokratskih institucija i civilnog društva
- Suzbijanje svih oblika korupcije
- Zaštitu osnovnih ljudskih i kulturnih vrednosti.